使用新鲜的细菌培养物进行接种，因为新鲜的细菌菌落通常可得到较高的蛋白得率。
检查重组蛋白序列中的不常用密码子。利用常用密码子代替稀有密码子，可显著提高表达水平。例如，精氨酸密码子AGG和AGA是大肠杆菌的不常用的密码子，所以这些密码子的tRNA水平低。
进行蛋白纯化时，在缓冲液中加入蛋白酶抑制剂，如PMSF。使用新鲜配制的PMSF，因为PMSF被稀释到水溶液中后30分钟内会失效。
如果您在表达实验中使用氨苄青霉素进行筛选，则可能会因为筛选条件缺失而出现质粒不稳定。这是因为氨苄青霉素被β-内酰胺酶破坏，或者在由细菌代谢物造成的酸性培养基条件下发生水解。在转化和表达实验中，可使用羧苄青霉素替代氨苄青霉素。
重组蛋白可能对细菌细胞具有毒性作用。应选择更严格调控的系统用于表达，如BL21-AI。也可考虑尝试使用不同的表达系统，如pBAD系统。